Apoiados pelo Departamento de Geografia e Meio Ambiente, ambos operam com uma visão multidisciplinar que considera cultura, paisagem e processos biológicos como parte de um sistema socioambiental.
Servindo como um núcleo de debates e pesquisas sobre a questão ambiental, o Laboratório de Ecologia estuda as alterações por que a Mata Atlântica vem passando, como fruto da intervenção humana. O Jardim de Plantas Bíblicas foi criado com os objetivos de recuperar uma relação do homem com a natureza e com Deus, viabilizar uma aprendizagem das culturas judaica e cristã, através das plantas que fizeram parte da história da salvação do povo de Deus, e possibilitar que as pessoas conheçam as plantas. Apresentando-se como um espaço de educação ambiental, a construção de jardins bíblicos é uma tradição em diversas universidades. No Brasil, a PUC-Rio foi a primeira universidade católica a iniciar essa tradição. Videira, oliveira, romã, arruda e hortelã são algumas das vinte espécies com que o espaço conta.