Com projeto arquitetônico assinado pelo espanhol Santiago Calatrava, inspirado nas bromélias do Jardim Botânico do Rio de Janeiro, o Museu possui zonas interativas, uma sala de cinema 360 graus, um auditório com 400 lugares, um salão de exposições com 600 m² e um restaurante com vista panorâmica. O Museu localiza-se na Praça Mauá, cuja região está em processo de revitalização.